深大寺の名は、深沙（じんじゃ）大王という水神に由来しています。この深沙大王とは本来、疫病を除き悪事を遠ざける力を持った神と伝えられ、その昔「西遊記」で名高い中国の三蔵法師が、教典を求めてインドを旅して、流砂河という大河をわたるときにも、この深沙大王に救われたといわれています。

故に「深大寺」は元々深沙大王の寺「深沙大王寺」という名で、それが縮まり「深大寺」という名になりました。さらに寺院には「山号」「院号」「寺号」といわれる名があり深大寺の山号は「浮岳山」院号は「昌楽院」で、天台宗の本山比叡山に匹敵する位を持ち、「天台宗別格本山浮岳山昌楽院深大寺」というのが正式な名称となります。

「深大寺縁起絵巻」によれば、深大寺の開山満功上人（まんくうしょうにん）の父、福満（ふくまん）が郷長右近の娘と恋に落ちましたが、右近夫妻によって、湖の島へ娘を遠ざけられてしまいました。そこで福満が深沙大王に祈願したところ霊亀が現れ、彼を島に連れて行きました。この奇瑞を知って右近夫妻も二人の仲を許し、そして生まれたのが満功上人です。上人は父の念願によって出家し、法相宗を学び、７３３年に寺を建てて、７５０年に深沙大王の像を安置しました。その寺が深大寺だというのが、開創伝説です。

開かれて後１００年、武蔵国司蔵宗の乱がおこり、その降伏を祈念するため、朝廷の命をうけ、比叡山の高僧恵亮和尚が深大寺にその道場を定めました。乱がおさまったのち、朝廷は恵亮和尚の功をたたえ深大寺を賜りました。この時、深大寺は天台宗に改宗しました。９９１年には、天台座主元三慈恵大師（てんだいざしゅがんさんじえいたいし）が多くの人々を救いたいという願いから自刻像を深大寺にうつし、おまつりしました。民衆の厄難を救うために建てられたこの寺の本願は、今もなお参詣の壇信徒の心に生きています。