参道より一段高い寺の敷地の入口に立つ正門で、正面には「浮岳山」の山号額を掲げています。慶応元年(１８６５)の火災の際にも常香楼とともに被災をまぬがれた建物で、現在、山内で一番古い建物です。

屋根裏にあった棟礼には、元禄八年(１６９５)に千人の寄進者・人足によって、このあたりの地形（じぎょう）と山門の普請（ふしん）が行われた。と記されています。東京に残っている江戸時代の建築の中でも、意匠的に特にすぐれたものの一つとされています。

形式は、主柱を３．６m問隔に立てて扉を付け、後方に細い控え柱を立てた薬医門（やくいもん）とよばれるものです。柱、梁、組物などの材はケヤキ。屋根は切妻（きりずま）の茅葺き。屋根裏板や垂木はスギで造られています。ケヤキ部分をベンガラで赤色に、スギ部分を黒で塗った、山内唯一の彩色された建物です。

江戸時代の深大寺の建物はほとんどすべて茅葺きでしたが、今では旧庫裡、茶室と、この山門だけになってしまいました。ケヤキは昔、武蔵野では屋敷林として植えられ、建築用材として好んで使われていたものです。

平成20年には山門石段の改修工事がおこなわれました。それまでは江戸時代のとても急角度な階段でお年寄りなどには大変不便でした。この改修で9段だった石段を12段まで増やし傾斜を低くして、登りやすくしました。石は昔のものがほぼそのまま使われています。

また茅葺屋根のため数年に一度屋根の葺き替え工事もおこなわれます。最近では平成18年に行われています。