元三大師像は大師堂の本尊で、座像にして高さ２mに近い大像です。

慈恵大師良源（りょうげん）(９２２〜９８５)は、延暦寺第十八代座主、正月三日に入寂したので元三大師の名があります。古くから如意輪観音の化身として悪魔調伏の力を持っと信じられ、その肖像が多く作られましたが、彫刻遺品には鎌倉時代中期以降のものが多く、普通は左手に独鈷（とっこ）を持ち、両手で数珠をまさぐる姿の等身大の像です。この像もその形に従っていますが、大きさの点では他に例をみないものです。鎌倉時代末ないし南北朝ころの制作と思われます。

『仮名縁起』には、大師自刻の像を恵心僧都の弟子寛印法師が正暦二年(９９１)に深大寺に移座したと記されています。近世には、この元三大師が深大寺の信仰の中心でした。

この元三大師像は秘仏となっており平時に拝観することはできません。25年に一度、御開帳の行事が行なわれ一般にも公開されます。

2009年は元三慈恵大師良源の1025年目の御遠忌にあたりました。50年に一度の大遠忌の半分（25年）は中開帳といわれ、深大寺では御開帳の行事が行なわれました。次は大遠忌で2034年になります。